Les emplacements sont des endroits variés que Ninja doit visiter au fil de ses aventures. Chaque zone a un thème, un visuel et un ensemble d'ennemis unique.
L'île du Messager[]
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| Village des Ninjas | Collines Automnales | Temple de la Mélancolie |
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| Catacombes | Jungle des Bambous | Grotte de Hurlevent |
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| Marais des Champiquants | Plateaux Torrides | Pic Glacial |
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| Tour du Temps | Ruines Célestes | Bas-Monde Infernal |
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| Grotte Obscure | Rivière Turquoise | Autel Englouti |
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| Cieux Élémentaires | Avenir Corrompu | Boîte à Musique |
L'île Tropicale de Voodkin[]
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| Haute mer | Rivage de Voodkin | Montagne de Feu |
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| Coeur vaudou |
Emplacements divers[]
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| La boutique | QG de la Tour du Temps | Grand Néant |